吹くスタッフです。
今回はProについているあれについて説明してみましょう。
認識パネルにあるけど何のことかイマイチわからない「アレ」ですよ。

そう、「移調楽器設定の適用」です。（Proのみの機能です）

まず、「適用」するとどうなるかといいますと、パート構成ウィンドウで、各パートに設定された「パートテンプレート」に設定されている移調楽器設定が、認識後そのまま設定されます。
パートテンプレートを適切に選んで楽譜OCRするだけで、その後の移調楽器の設定は不要になり、そのまま正しい音程で演奏されるということです。

とはいえ、楽譜上の楽器の表記は音色を意味しているだけで、移調楽器表記はされていない場合もありますよね。そういう場合は「適用しない」を選んでください。
「適用しない」の場合は、認識後に設定されるのは音色だけになります。

では「自動」は？？
もうわかりますよね。認識結果の調号の状態から、「適用」か「適用しない」かどちらが妥当かを自動判定するということです。
もちろんこれもスコアメーカーの認識処理ということになりますので、この判定にも認識率があるんですけど。
お好みに応じて、「自動」にするか、「適用」、「適用しない」を指定するかをお選びください。